Pierwszy człowiek pojawił się w tych okolicach w młodszej epoce kamiennej (3500 - 1700 p.n.e.), o czym świadczą narzędzia znalezione w pobliskiej Pisarzowej. Odkryto tam także urnowe cmentarzyska z początków epoki żelaza (1200 - 400 p.n.e.), oraz liczne monety z I wieku p.n.e., które są dowodem kontaktów z cesarstwem rzymskim.

Wcześniej niż sam dzisiejszy obszar miasta zasiedlane były otaczające Limanową wsie: Łososina Górna, Pisarzowa oraz Męcina. Na początku XV wieku wzmiankowano też Mordarkę, Jabłoniec i Lipowe.

Na stoku Łysej Góry, w miejscu zwanym Kościeliskiem (pomiędzy obecnym starym Krzyżem a nieczynnym wyrobiskiem kamienia) miała znajdować się praosada Limanowej (odkryto tu resztki naczyń i narzędzi).